As diretorias da AAFBANERJ, até o biênio 87/89, eram eleitas pela Assembléia Geral. Com a criação do Conselho Deliberativo, a Assembléia passou a eleger o Conselho que, por sua vez, indicava o Presidente e o Vice-Presidente da Diretoria Executiva, cabendo ao Presidente nomear os demais diretores.
Já com a última reforma do estatuto, em 2005, a Assembléia Geral passa a eleger os Conselhos Deliberativo e Fiscal e a Diretoria Executiva. Ao longo desses anos os presidentes da Associação, eleitos conforme os critérios acima, foram:
Gestão 1983 - 1985
Gestão mar/1985 - ago/1985
Gestão ago/1985 - 1987
Gestão 1987 - 1989
Gestão 1989 - 1991
Gestão 1991 - 1993
Gestão 1993 - 1995
Gestão 1995 - 1997
Gestão 1997 - 1999
Gestão 1999 - 2001
Gestão 2001 - 2003
Gestão 2003 - 2005
Gestão 2005 - 2007
Gestão 2007 - 2009
Gestão 2009 - 2011
Gestão 2011 - 2013
Gestão 2013 - 2015
Gestão 2016 - 2018
Até 1993, a sigla da Associação foi AAFB. Contudo, pela semelhança com a da Associação dos Antigos Funcionários do Banco do Brasil (AAFBB) e para que o nome BANERJ não deixasse de ser mencionado, a Diretoria, em maio de 1993, passa a denominar a entidade de Associação dos Antigos Funcionários do Sistema Integrado BANERJ, com a sigla AAFBANERJ.